Ngự Y Của Hoàng Đế là một bộ phim thuộc thể loại sử kịch khai thác đề tài về y học, Ngự y của Hoàng đế xoay quanh cuộc đời của Baek Kwang Huyn – một người thuộc tầng lớp thấp trong xã hội chuyên chữa bệnh cho ngựa. Trong một lần tình cờ, Baek Kwang Huyn vận dụng kỹ thuật thú y của mình để cứu sống tính mạng của một người, từ đó anh say mê nghiên cứu y thuật.

Với tính cách lạc quan, hài hước, không chùn bước trước những đàn áp hay định kiến xã hội, Baek Kwang Huyn (Jo Seung Woo thủ vai) đã dành cả đời để nghiên cứu phương pháp trị liệu mới, từ một mã y trở thành thái y thân tín của Hoàng đế Huyn Jong và là nhà phẫu thuật Đông y đầu tiên trong lịch sử Triều Tiên.