Giải Mã Kỳ Án: Phần 5 bắt đầu từ các sự kiện được mô tả trong tập phim chuyển tiếp của phần bốn, những Người quan sát có vẻ hòa bình đã nắm quyền kiểm soát vũ trụ của chúng ta vào năm 2015. Bây giờ, vào năm 2036, họ đã trở thành những kẻ thống trị tàn nhẫn không có đối thủ. Tuy nhiên, điều đang chờ đợi trong tương lai là cuộc chiến cuối cùng của Đội Fringe để bảo vệ thế giới của chúng ta.