Giải Mã Kỳ Án: Phần 3 tiếp tục hành trình khám phá hang thỏ của ba tâm hồn không giống ai — Đặc vụ FBI Olivia Dunham, Nhà khoa học Fringe Walter Bishop và cậu con trai Peter, người thợ đa năng — thông qua các cuộc điều tra khó hiểu, thực tế song song và các mối đe dọa ngày càng gia tăng ở vùng ranh giới giữa khoa học và điều không thể tưởng tượng.