Sau nỗ lực thất bại của NERV trong việc lấy lại Ngọn giáo Longinus và thực hiện Dự án Công cụ Con người, sự hủy diệt do Tác động lần thứ tư gây ra phần lớn đã được ngăn chặn. Trong tình trạng hỗn loạn, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami và Rei Ayanami đến Làng 3 một khu định cư của những người sống sót thoát khỏi sự tàn phá của Trái đất. Ở đó, Shinji dần đối mặt với quá khứ của mình, phát triển một cuộc sống hoàn toàn khác so với những ngày còn là phi công của Evangelion. Trong khi đó, NERV chuẩn bị để tiếp tục Dự án Công cụ bằng một Tác động mới. Khi chiến hạm trên không chính của WILLE đến làng, Shinji quyết định lên tàu, tin rằng anh ấy có thể giúp đỡ bằng cách lái một Evangelion.