Đặc Vụ Không Gian: Không Đơn Độc Bộ phim xoay quanh cuộc chiến chống lại sự xâm lược của sinh vật khổng lồ “Angel”. Chuyện bắt đầu vào năm 2015, khi thế giới đã bị phá hủy bởi một sinh vật gọi là Adam, lúc này Ikari Shinji đến một thành phố và đã gặp một Angel đang phá hủy nó. Shinji đã được một cô gái trong tổ chức đưa xuống nơi đang chế tạo một robot có tên “Eva” để chiến đấu chống lại Angel…