Chiến Hạm Cuối Cùng: Phần 2 bắt đầu với phương pháp chữa trị Virus Đỏ và mục tiêu cứu loài người. Đại úy Hải quân Tom Chandler và phi hành đoàn của ông trở về Hoa Kỳ mà không chắc chắn về những gì họ sẽ tìm thấy. Khi phi hành đoàn tìm kiếm những người sống sót và gia đình của họ, họ chạm trán với một kẻ thù mới đang nổi lên, kẻ đang tranh giành quyền kiểm soát và có thể cản trở việc sản xuất hàng loạt thuốc chữa bệnh.