Biệt đội Alpha dựa theo truyện tranh của nhà sáng tạo “Ghost in the Shell”, APPLESEED ALPHA có cốt truyện xoay quanh một nữ chiến binh trẻ tên là Deunan và đồng sự cyborg (nửa người, nửa máy.

Briareos phải chiến đấu sống sót qua ngày tận thế hậu Chiến tranh Thế giới thứ 3 tại New York để tìm kiếm niềm hy vọng cho tương lai của loài người: thành phố huyền thoại Olympus.

Bộ phim xoay quanh câu chuyện về bốn nhân vật chính, đây đồng thời cũng là hình ảnh đại diện cho bốn lớp nhân vật có thể chơi được trong game. Cốt truyện của bộ phim dựa theo các sự kiện diễn ra ngay trước bối cảnh chính trong game, đây cũng là bước ngoặt có tính đột phá của toàn bộ nội dung câu chuyện. Cụ thể, đó sẽ là cuộc tấn công tiến vào một thành phố lớn tại châu Âu. Các cảnh trong phim được quay tại một khu vực mà trong trò chơi, đó sẽ là một bản đồ dành cho chế độ mutilplayer đầy hấp dẫn. Đặc biệt, trong bộ phim, đạo diễn đã cố ý ẩn dấu một mã số bí mật, cho phép người chơi khám phá và sử dụng nó thông qua hệ thống Ghost Recon Network để kích hoạt và nhận được một vũ khí bí mật, độc quyền trong game.