Biệt Đội 6: Phần 2 theo chân Đội SEAL số 6 của Hải quân trong nhiệm vụ tiêu diệt mạng lưới khủng bố chịu trách nhiệm cho vụ bắn chết cựu đội trưởng Richard “Rip” Taggart. Dưới sự chỉ huy của Joe ‘Bear’ Graves, Đội SEAL của Hải quân sẽ hợp tác với sĩ quan CIA khôn ngoan và kiên trì Gina Cline để lùng sục Đông Âu, xâm nhập vào lãnh thổ thù địch và các điểm nóng khủng bố như Chechnya khi họ truy tìm kẻ chủ mưu đằng sau mạng lưới thánh chiến của Michael.