Thám Quan Kỳ Án Phần 2 được thiết lập ngay cả trong thời kỳ hỗn loạn hơn so với phần trước, dưới thời trị vì của Hoàng đế Gojong, một khoảng thời gian mà mọi khía cạnh của Joseon, từ tài chính, quân sự và kinh tế với văn hóa được thúc đẩy theo hướng hiện đại. Sự hỗn loạn và nhầm lẫn kết quả từ những thay đổi nhanh chóng tạo nên bối cảnh cho những tội ác xảy ra, buộc Byul Soon Geom phải được cải cách để điều tra có thể truy tìm thủ phạm.