Đặc Vụ Không Gian: Không Thể Làm Lại 14 năm đã trôi qua kể từ lần va chạm gần thứ ba. Hầu hết thế giới đã thay đổi ngoại trừ Shinji Ikari, người thức dậy, không bị biến đổi trong một môi trường mới và lạ. Misato đã thành lập một nhóm tách biệt với Nerv. Cuộc chiến còn lâu mới kết thúc nhưng cuộc đấu tranh lớn nhất có thể là chống lại con người và các đồng minh cũ.